甲基化信号是局部的。引擎在基因座上构建多尺度读数窗，取局部对比度最强的代表读数， 使模块/通路层的配对检验达到功效最优——同一框架下的对照实证为 33 : 4 （窗代表 33 项净检出 vs 全探针均值 4 项）。模块/通路层因此是平台的主检出层； 位点与基因层读数作为定位与归因的辅助层。
| 闸 | 名称 | 作用 |
|---|---|---|
| 闸1 | 全局漂移披露 | 检测全基因组方向性漂移；存在漂移即如实披露，防止把技术漂移读成通路信号 |
| 闸2 | 随机集对照 | 同规模随机基因集 ×20 对照——集合级信号必须显著强于随机底噪 |
| 闸3 | 置换 FWER 校准 | sign-flip 置换（B=400）校准族错误率，逐字典给出阈值——控制"测了很多集合"带来的假阳性 |
| 等级 | 判据 | 状态 |
|---|---|---|
| B 级 | 三闸 FWER 净检出（现行全部上站结论） | 在用 |
| A 级 | B 级 + 留一法（LOO）稳健性检验通过 | 口径已定，待逐集合补课 |
| — | 未评估（not_evaluated） | 永久阻断升 A |
统一分析引擎一条命令跑通一个数据集（矩阵 → 三闸 → 模块/通路命中 → 标准图组）； 随机种子固定，同一数据重跑逐字节一致。全部公开数据集结论经过四轮独立实现 重算与交叉审计（160 项检查全绿），包括配对独立重推、全量重算、统计量双实现互证 与重跑确定性。
检测输入输出遵循 Response Object 契约（v0.2，含响应元件登记块）；响应元件 星表在册 2,033 项，编号执行"不复用/不重排/不改号"三不铁律。研究线 （含阴性结论与自我纠错记录）见 DRE 元件规范档案。