阻抗训练(T2D 16 周)
GSE58280 · 运动 · 甲基化 450K · 发现集
设计 个体配对 Pre/Postn 17 对PMID 25138607口径 三闸 FWER(置换 B=400)
读法:主响应为全局低甲基化漂移(经逐对中位锚校正,漂移如实披露);通路层净检出 slim 33 项(GOBP 25 / REACTOME 6 / KEGG 2)——软骨发育、平滑肌迁移、IGF 受体、胆固醇转运(NR1H3/LXR)、TGF-β、ERBB 等与阻抗训练表型高度相称;全库扩展命中 61 项、归并为 49 个独立通路簇。
verified · 33 module responses detected (FWER-controlled)
主图 · 模块命中瀑布 · 33 项命中(红=高甲基化 / 蓝=低甲基化,FWER 置换校准)
副图 · 全库注释深度 · 四库集合规模与命中分布(全库 61 项 / 49 独立簇)
三闸质控(全局漂移 → 随机集对照 → 置换 FWER)
闸1 披露(叙事在档):主响应为全局低甲基化漂移(约 79.9% 基因同向),模块层读数经逐对中位锚校正后进入闸2/闸3——漂移本身即如实披露,不作通路信号解读。
| 字典 | 可评集合 | FWER 净检出 | 闸3 阈值(置换 B=400) | 闸2 随机门底噪 |
|---|
| GOBP | 2430 | 25 | 2.93e-04 | — |
| REACTOME | 516 | 6 | 2.93e-04 | — |
| KEGG | 183 | 2 | 2.93e-04 | — |
| HALLMARK | 50 | 0 | 2.93e-04 | — |
检出器:集合级配对检验 × 多尺度响应表征引擎读数;族错误率由 sign-flip 置换校准(B=400,minP 5% 分位)。阈值与底噪逐字典在档,可复跑。
GOBP · 命中明细(25 项)
| 集合 | 方向(引擎读数) | p |
| GOBP_NEGATIVE_REGULATION_OF_CARTILAGE_DEVELOPMENT | 下调(-0.0651) | 2.93e-04 |
| GOBP_NEGATIVE_REGULATION_OF_SMOOTH_MUSCLE_CELL_MIGRATION | 下调(-0.0626) | 2.93e-04 |
| GOBP_INSULIN_LIKE_GROWTH_FACTOR_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY | 下调(-0.0590) | 2.93e-04 |
| GOBP_POSTSYNAPTIC_NEUROTRANSMITTER_RECEPTOR_INTERNALIZATION | 下调(-0.0583) | 2.93e-04 |
| GOBP_ESTABLISHMENT_OF_EPITHELIAL_CELL_POLARITY | 下调(-0.0550) | 2.93e-04 |
| GOBP_HEAD_MORPHOGENESIS | 下调(-0.0541) | 2.93e-04 |
| GOBP_HIPPO_SIGNALING | 下调(-0.0511) | 2.93e-04 |
| GOBP_COLLATERAL_SPROUTING | 下调(-0.0480) | 2.93e-04 |
| GOBP_MAMMARY_GLAND_MORPHOGENESIS | 下调(-0.0438) | 2.93e-04 |
| GOBP_SOMITOGENESIS | 下调(-0.0422) | 2.93e-04 |
| GOBP_MUSCLE_CELL_MIGRATION | 下调(-0.0409) | 2.93e-04 |
| GOBP_NEGATIVE_REGULATION_OF_HORMONE_SECRETION | 下调(-0.0400) | 2.93e-04 |
| GOBP_NEGATIVE_REGULATION_OF_TOR_SIGNALING | 下调(-0.0386) | 2.93e-04 |
| GOBP_SOMITE_DEVELOPMENT | 下调(-0.0378) | 2.93e-04 |
| GOBP_REGULATION_OF_HIPPO_SIGNALING | 下调(-0.0373) | 2.93e-04 |
| GOBP_REGENERATION | 下调(-0.0356) | 2.93e-04 |
| GOBP_HINDBRAIN_DEVELOPMENT | 下调(-0.0348) | 2.93e-04 |
| GOBP_RESPONSE_TO_OSMOTIC_STRESS | 下调(-0.0342) | 2.93e-04 |
| GOBP_NEUROBLAST_PROLIFERATION | 下调(-0.0334) | 2.93e-04 |
| GOBP_ORGANIC_CATION_TRANSPORT | 下调(-0.0307) | 2.93e-04 |
| GOBP_NEURON_MIGRATION | 下调(-0.0275) | 2.93e-04 |
| GOBP_TRNA_PROCESSING | 上调(+0.0272) | 2.93e-04 |
| GOBP_AMEBOIDAL_TYPE_CELL_MIGRATION | 下调(-0.0260) | 2.93e-04 |
| GOBP_REGULATION_OF_PROTEIN_LOCALIZATION_TO_NUCLEUS | 下调(-0.0238) | 2.93e-04 |
| GOBP_TRNA_METABOLIC_PROCESS | 上调(+0.0220) | 2.93e-04 |
REACTOME · 命中明细(6 项)
| 集合 | 方向(引擎读数) | p |
| REACTOME_NR1H3_NR1H2_REGULATE_GENE_EXPRESSION_LINKED_TO_CHOLESTEROL_TRANSPORT_AND_EFFLUX | 下调(-0.0691) | 2.93e-04 |
| REACTOME_TGF_BETA_RECEPTOR_SIGNALING_ACTIVATES_SMADS | 下调(-0.0487) | 2.93e-04 |
| REACTOME_POTASSIUM_CHANNELS | 下调(-0.0407) | 2.93e-04 |
| REACTOME_HIGH_LAMINAR_FLOW_SHEAR_STRESS_ACTIVATES_SIGNALING_BY_PIEZO1_AND_PECAM1_CDH5_KDR_IN_ENDOTHELIAL_CELLS | 下调(-0.0355) | 2.93e-04 |
| REACTOME_FCGAMMA_RECEPTOR_FCGR_DEPENDENT_PHAGOCYTOSIS | 下调(-0.0340) | 2.93e-04 |
| REACTOME_ESR_MEDIATED_SIGNALING | 下调(-0.0288) | 2.93e-04 |
KEGG · 命中明细(2 项)
| 集合 | 方向(引擎读数) | p |
| KEGG_ERBB_SIGNALING_PATHWAY | 下调(-0.0364) | 2.93e-04 |
| KEGG_AXON_GUIDANCE | 下调(-0.0351) | 2.93e-04 |
332 模块字典 · 命中明细(2 项)
| 集合 | 方向(引擎读数) | p |
| Hallmarks:A2_circulation | 下调(-0.0421) | 1.50e-05 |
| Hallmarks:A1_stem_cell | 下调(-0.0316) | 1.50e-05 |
注:332 字典两项目录为初版三闸口径在档承接(阈值 1.5e-05);主口径 slim 阈值 2.9e-04(置换 B=400)。
引用纪律:命中集合存在冗余簇(全库 61 项 → 49 独立簇)——对外引用一律按簇计数;slim 33 项为主图条目口径。命中 p 值同撞一条离散阈值线(n=17 的 W 统计最小可达 p),属同一证据边界的成簇命中,非 33 个独立证据。
数字由确定性管线程序化生成本页(可复跑,种子固定);检测方法不构成疗效声明;客户数据代号化处理。
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