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阻抗训练(T2D 16 周)

GSE58280 · 运动 · 甲基化 450K · 发现集
设计 个体配对 Pre/Postn 17 对PMID 25138607口径 三闸 FWER(置换 B=400)
读法:主响应为全局低甲基化漂移(经逐对中位锚校正,漂移如实披露);通路层净检出 slim 33 项(GOBP 25 / REACTOME 6 / KEGG 2)——软骨发育、平滑肌迁移、IGF 受体、胆固醇转运(NR1H3/LXR)、TGF-β、ERBB 等与阻抗训练表型高度相称;全库扩展命中 61 项、归并为 49 个独立通路簇。
verified · 33 module responses detected (FWER-controlled)
33 项命中(红=高甲基化 / 蓝=低甲基化,FWER 置换校准)
主图 · 模块命中瀑布 · 33 项命中(红=高甲基化 / 蓝=低甲基化,FWER 置换校准)
四库集合规模与命中分布(全库 61 项 / 49 独立簇)
副图 · 全库注释深度 · 四库集合规模与命中分布(全库 61 项 / 49 独立簇)

三闸质控(全局漂移 → 随机集对照 → 置换 FWER)

闸1 披露(叙事在档):主响应为全局低甲基化漂移(约 79.9% 基因同向),模块层读数经逐对中位锚校正后进入闸2/闸3——漂移本身即如实披露,不作通路信号解读。
字典可评集合FWER 净检出闸3 阈值(置换 B=400)闸2 随机门底噪
GOBP2430252.93e-04—
REACTOME51662.93e-04—
KEGG18322.93e-04—
HALLMARK5002.93e-04—
检出器:集合级配对检验 × 多尺度响应表征引擎读数;族错误率由 sign-flip 置换校准(B=400,minP 5% 分位)。阈值与底噪逐字典在档,可复跑。

GOBP · 命中明细(25 项)

集合方向(引擎读数)p
GOBP_NEGATIVE_REGULATION_OF_CARTILAGE_DEVELOPMENT下调(-0.0651)2.93e-04
GOBP_NEGATIVE_REGULATION_OF_SMOOTH_MUSCLE_CELL_MIGRATION下调(-0.0626)2.93e-04
GOBP_INSULIN_LIKE_GROWTH_FACTOR_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY下调(-0.0590)2.93e-04
GOBP_POSTSYNAPTIC_NEUROTRANSMITTER_RECEPTOR_INTERNALIZATION下调(-0.0583)2.93e-04
GOBP_ESTABLISHMENT_OF_EPITHELIAL_CELL_POLARITY下调(-0.0550)2.93e-04
GOBP_HEAD_MORPHOGENESIS下调(-0.0541)2.93e-04
GOBP_HIPPO_SIGNALING下调(-0.0511)2.93e-04
GOBP_COLLATERAL_SPROUTING下调(-0.0480)2.93e-04
GOBP_MAMMARY_GLAND_MORPHOGENESIS下调(-0.0438)2.93e-04
GOBP_SOMITOGENESIS下调(-0.0422)2.93e-04
GOBP_MUSCLE_CELL_MIGRATION下调(-0.0409)2.93e-04
GOBP_NEGATIVE_REGULATION_OF_HORMONE_SECRETION下调(-0.0400)2.93e-04
GOBP_NEGATIVE_REGULATION_OF_TOR_SIGNALING下调(-0.0386)2.93e-04
GOBP_SOMITE_DEVELOPMENT下调(-0.0378)2.93e-04
GOBP_REGULATION_OF_HIPPO_SIGNALING下调(-0.0373)2.93e-04
GOBP_REGENERATION下调(-0.0356)2.93e-04
GOBP_HINDBRAIN_DEVELOPMENT下调(-0.0348)2.93e-04
GOBP_RESPONSE_TO_OSMOTIC_STRESS下调(-0.0342)2.93e-04
GOBP_NEUROBLAST_PROLIFERATION下调(-0.0334)2.93e-04
GOBP_ORGANIC_CATION_TRANSPORT下调(-0.0307)2.93e-04
GOBP_NEURON_MIGRATION下调(-0.0275)2.93e-04
GOBP_TRNA_PROCESSING上调(+0.0272)2.93e-04
GOBP_AMEBOIDAL_TYPE_CELL_MIGRATION下调(-0.0260)2.93e-04
GOBP_REGULATION_OF_PROTEIN_LOCALIZATION_TO_NUCLEUS下调(-0.0238)2.93e-04
GOBP_TRNA_METABOLIC_PROCESS上调(+0.0220)2.93e-04

REACTOME · 命中明细(6 项)

集合方向(引擎读数)p
REACTOME_NR1H3_NR1H2_REGULATE_GENE_EXPRESSION_LINKED_TO_CHOLESTEROL_TRANSPORT_AND_EFFLUX下调(-0.0691)2.93e-04
REACTOME_TGF_BETA_RECEPTOR_SIGNALING_ACTIVATES_SMADS下调(-0.0487)2.93e-04
REACTOME_POTASSIUM_CHANNELS下调(-0.0407)2.93e-04
REACTOME_HIGH_LAMINAR_FLOW_SHEAR_STRESS_ACTIVATES_SIGNALING_BY_PIEZO1_AND_PECAM1_CDH5_KDR_IN_ENDOTHELIAL_CELLS下调(-0.0355)2.93e-04
REACTOME_FCGAMMA_RECEPTOR_FCGR_DEPENDENT_PHAGOCYTOSIS下调(-0.0340)2.93e-04
REACTOME_ESR_MEDIATED_SIGNALING下调(-0.0288)2.93e-04

KEGG · 命中明细(2 项)

集合方向(引擎读数)p
KEGG_ERBB_SIGNALING_PATHWAY下调(-0.0364)2.93e-04
KEGG_AXON_GUIDANCE下调(-0.0351)2.93e-04

332 模块字典 · 命中明细(2 项)

集合方向(引擎读数)p
Hallmarks:A2_circulation下调(-0.0421)1.50e-05
Hallmarks:A1_stem_cell下调(-0.0316)1.50e-05
注:332 字典两项目录为初版三闸口径在档承接(阈值 1.5e-05);主口径 slim 阈值 2.9e-04(置换 B=400)。
引用纪律:命中集合存在冗余簇(全库 61 项 → 49 独立簇)——对外引用一律按簇计数;slim 33 项为主图条目口径。命中 p 值同撞一条离散阈值线(n=17 的 W 统计最小可达 p),属同一证据边界的成簇命中,非 33 个独立证据。
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